Os desafios do Battle Frontier são instalações temáticas e com regras próprias.

Após vencer um certo número de lutas, você será desafiado pelo Frontier Brain e, se derrotá-lo, ganhará sua premiação respectiva.

- Nesta instalação, para ser desafiado pelo Brain pela primeira vez, será necessário conseguir 5 vitórias seguidas; e, para um segundo desafio, 8 vitórias seguidas.

- A primeira vitória que você tiver sobre o Brain te dará um Silver Symbol; a segunda, um Golden Symbol.

- Partidas comuns são Best Of 1; partidas contra o Brain são Best Of 3. As mesmas regras válidas em partidas comuns são aplicadas nos jogos contra o Brain.

Após ter conquistado o Golden Symbol, você continuará podendo jogar nesta instalação, porém, somente para quebrar o seu recorde pessoal, pois não será mais desafiado pelo Brain.